از جمله روایاتی که به آن استناد گردید، روایت معروف به مقبوله «عمربن حنظله» است که «شیخ انصاری» در ذیل نقل آن به وجود اشکالات متعدد در آن تصریح نموده و می گوید: این روایت شریف خالی از اشکال، بلکه اشکالات نیست.[45] در ذیل به این شبهات اشاره می نماییم:

الف) صدر روایت حاکی از این است که طرفین جهت فصل خصومت و رفع منازعه مراجعه می کنند، اما ذیلش در فرض قضاوت و اختلاف در منشاء حکم و... است که با قطع منازعه تناسب ندارد. علاوه بر این، اینها چگونه حاکمانی هستند که از یک معارض واضح غفلت دارند و توجه به آن ندارد؟

ب) این چه قضاوتی است که قاضی حکم کرده و خود طرفین به دنبال مستند حکم قاضی می روند؟ با آنکه رویه این است که قاضی خود مستند را نگاه می‏کند و حکم می‏دهد و تمام می‏شود.

ج) چگونه قضاوتی است که بعد از آن‏که حاکم اول حکم کرده، حاکم دیگری اقدام به صدور حکم می نماید (‏با آنکه این کار جایز نیست) و احتمال اینکه هر دو در یک زمان حکم نموده باشند، فرض بعیدی است و اگر بپذیریم هر دو در یک زمان حکم نموده اند، قاعده تساقط و مراجعه به داور سوم است. [46]

علاوه بر آن، نویسنده کتاب «مدارک الاحکام»، با توجه به قرائن و شواهد فراوان، آن را مربوط به مقام افتا و شبهات حکمیه می داند، نه مقام قضاوت و حکومت و شبهات موضوعیه.[47]

توضیح اینکه «مرحوم خوانساری» در كتاب «جامع المدارك» معتقد است آنچه از روايت مقبوله «عمر بن حنظله» به قرينه ذيل روايت به دست مى‌آيد، اين است كه مورد ارجاع از «شبهات حكميّه» و از موارد اختلاف در حكم است و انشای حكم و الزام از سوى حاكم متصور نيست؛ زيرا الزام در اين مورد، از ناحيه شارع مقدس ثابت است. پس معقول نيست كه امر مولوى ديگرى فوق آن باشد؛ و امر حاكم در اينجا چيزى جز ارشاد به حكم شارع نيست؛ نظير امر به معروف و اوامر فقيه در مقام بيان احكام، بلكه اوامر پيامبر اكرم و ائمه:؛ البته اين مقام از سوى شارع براى فقيه ثابت شده است. بر اين اساس، پس مقبوله به باب افتا و استفتا مربوط مى‌شود، نه به باب قضاوت كه مشتمل بر اعمال ولايت است... . آری، در «اختلاف موضوعى» اعمال ولايت متصور است، چنانچه اگر دو طرف نزاع در مورد مالى به نزاع برخيزند و يكى از آنان مدعى باشد و ديگرى منكر، در اين صورت، پس از اقامه بينه يا قسم با قضاوت حاكم، نزاع پايان مى‌يابد، حتى در مورد كسى كه خود قطع به اين دارد كه خلاف مى‌گويد؛ زيرا واقع براى قاضى مشخص نيست و مقصود در آن تنها رفع نزاع و تخاصم با موازين شرعى است.[48] «مرحوم آشتیانی» نیز با اشاره به تنافی میان صدر و ذیل روایت گفته است: روایت متضمن بیان رجوع به آشنای با احادیث و مسأله تقلید در شبهات حکمیه است، نه مراجعه مرسوم به قضات در اختلاف در موضوعات است و اگر کسی میان مقام قضا و افتا تفکیک قائل نگردد، قابل پذیرش نیست.[49]

حضرت استاد نیز با ایراد اشکالات دیگری؛ مانند اینکه عدم پذیرش حکم قاضی که با توجه به امارات و دلایل و شواهد حکمی صادر نموده باعث خروج فرد از دین و شرک به خداوند بشود با مذاق شرع و عادت سازگار نیست و عقلا نیز آن را نمی‏پذیرند و سیره نیز بر خلافش وجود دارد. آری، نپذیرفتن احکام و فتوای فقیه که بر اساس روایات و مدارک قرآنی و روایی صادر شده است را می توان به منزله رد روایت و منشاء فتوا تلقی نمود. اما اگر کسی حکم قاضی در شبهات موضوعیه را به دلیل اینکه قضاوتش مبتنی بر شاهد دروغ و یا دلایل ناصواب بوده نپذیرد را به منزله ارتداد و شرک بدانیم، غیر قابل قبول است.[50]

به اعتقاد استاد معظم، با توجه به این اشکالات بدون پاسخ و اختلاف و ناسازگاری صدر و ذیل روایت که حکایت از عدم عمل اصحاب به آن دارد، چطور می‌توان روایت را مقبوله دانست؟ و این پاسخ که می‌توان میان صدر و ذیل یک روایت در قبول و عدم قبول تجزیه نمود، قابل پذیرش نیست؛ چرا که اولاً: چنین تفکیکی خلاف ظاهر است. ثانیاً: تبعض در حجیت در یک روایت در صورتی قابل پذیرش است که صدر و ذیل، حاوی دو حکم مستقل باشند، ولی چنانکه یک بخش فرع بر دیگری است، همانگونه که در این روایت چنین است، تفکیک میان حجیت اصل و فرع قابل پذیرش نیست؛ به این بیان که بگوییم اصل، حجت نیست، ولی فرعش حجت است.[51]